Het Atheïstisch woordenboek is geen werk met definities van begrippen zoals een Van Dale, maar ligt meer in de lijn van het Filosofisch woordenboek van Voltaire uit 1764 of Ideas that Matter van Anthony Grayling uit 2009. Het is een boek waarin allerlei lemma’s die met atheïsme en irrationaliteit te maken hebben alfabetisch zijn geordend en lijkt in dat opzicht meer een encyclopedie dan een woordenboek in de gebruikelijke zin. Het begint bij Aflaten en Arkzoekers, behandelt Bliksemafleiders en Exorcisme en onderzoekt de Lijkwade van Turijn en het Vagevuur. Boeiende figuren zoals Jean Meslier, Giordano Bruno, James Usscher en Etienne Vermeersch passeren de revue en ook de vermeende onfeilbaarheid van de paus en de fatwa van ayatollah Khomeini over Salman Rushdie worden behandeld. Het Atheïstisch woordenboek probeert ook voorlichting te geven over de sociale context waarin het atheïsme zich tegenwoordig ontwikkelt, of soms in zijn ontwikkeling wordt gefrustreerd. In vele landen is atheïsme immers nog steeds een halsmisdaad, wat ingaat tegen artikel 18 van de Universele Verklaring van de Rechten van de Mens (1948): daarin wordt duidelijk gesteld dat de burgers van deze wereld niet alleen een recht hebben om te geloven, maar ook een recht om niet te geloven.